Se han realizado diversas experiencias con biodiesel y varias mezclas en climas de bajas temperaturas. Generalmente hablando, con B-20 o menos la mezcla comenzara a congelarse entre 1 y 3 grados centígrados por arriba que el diesel de petróleo. La mayoría de las propiedades del biodiesel (emisiones, potencia, etc.) son independientes del aceite o grasa utilizados como materia prima, pero las propiedades de fluidez a bajas temperaturas son afectadas por la materia prima utilizada, en el caso del biodiesel puro y en menor medida en sus mezclas. El biodiesel puro fabricado a partir del aceite de soja tiene una Punto Nube de unos menos 5°C y un punto de fluidez de menos 8°C, mientras que el biodiesel de aceite de palma tiene un Punto Nube de 15/30 °C. Los mecanismos para minimizar los problemas en zonas muy frías son básicamente los mismos que para el diesel:

1. Mezclar con Kerosén.
2. Utilizar un mejorador de la fluidez.
3. Utilizar un filtro de combustibles con calentamiento.
4. Guardar vehículos bajo techo.

La mayoría de los motores diesel reciclan una cantidad sustantiva de combustible a través del motor volviendo al tanque de combustible y esto sirve para calentar el combustible en el tanque. Esto elimina los problemas de fluidez en el tiempo frío una vez que el motor ha arrancado.